在微生物漫长的进化历史中，不同菌株间的竞争是常态，进化和变异也是常态。自然界天然就存在个别菌株携带耐药基因，具有抗菌药物耐受能力，以适应环境，促进种群的存续。这和我们是否使用抗菌药物无关。
人类使用抗菌药物的本意是杀灭病原菌。但抗菌药物的大量使用，在杀灭病原菌的同时，也抑制或消灭了大量敏感菌，破坏了微生物间的生态平衡，使得耐药菌得以优势繁殖。为了杀灭出现的耐药菌，人类开发出更多种类的，使用更大量的抗菌药物，从而进一步加剧了微生物生态的不平衡和耐药性的进化和传播。近七十多年来，抗菌药物过量使用—耐药性产生—高级别、高剂量抗菌药物联合使用—耐药性大量产生和传播，这种恶性循环在临床、动物、水产养殖等各个领域上演。无论印度的水体中、广州地铁扶手上，还是北京空气雾霾中出现耐药菌或耐药基因都是微生物生态不平衡、耐药菌大量产生和传播的例证。
耐药性和致病性是两个概念，耐药菌未必一定对人致病，但是随着水体、土壤、空气等环境中耐药菌和耐药基因负荷的增加，耐药性向病原菌传递的风险也在增加。如果病原菌同时具有耐药性将会给抗感染治疗带来严峻挑战。这也是我们要关注细菌耐药性、遏制细菌耐药性的产生和传播的原因。
耐药性的产生和传播是进化的、动态的、生态的和均衡的，只有从生态的视野去理解抗菌药物的使用和耐药性变异和传播的关系，珍惜抗菌药物资源，重视生态的约束力，才能更好的控制细菌耐药性。